宁国寺始建于唐贞观十一年（公元637年），由无尘和尚开山，原址在县城叶挺路东首，名为宁国教寺，后易名宁国禅寺，迄今1368年。历代僧、官多加修建。据史料记载，宁国寺规模宏大，大雄宝殿匾额为唐代大书法家颜真卿所书。寺藏明万历铜钟，前后共6处，殿堂楼阁数百间，有“跑马关山门”之说。寺后有千佛楼，主供释迦  ，楼内每根梁柱上雕刻的多尊佛像，形态各异，组成千佛绕毗卢的场面。清道光六年（1826年），大雄宝殿毁于大火，近百年来屡遭天灾人祸，古寺濒临灭迹。

 1993年3月，宝应县人民政府决定在原城隍庙、万寿庵旧址上重建宁国寺。建设规划范围，北起县城东门大街，南至新建巷，西起张仙庙桥，东至安宜南路，面积约40000平方米。其布局分为三区一带，即：中部为寺院建筑中轴线及参观游览区，东部为天王殿、钟楼、东配殿及外围仿古建筑群，西部为鼓楼、宝塔、戒坛、讲经堂、西配殿、斋堂及生活区。至2005年，已新建天王殿、藏经楼、东部仿古建筑群及大雄宝殿、玉佛殿、罗汉堂。天王殿西侧门额“海会云集”为台湾弥勒内院住持兼常州天宁寺住持宽裕法师所题。大雄宝殿匾额由原全国政协副主席、佛教协会会长赵朴初题写。

 宁国寺正在依照规划，通过寺院自筹，信众捐募，逐步实施建设南山门殿、祖堂丈室、钟楼、鼓楼、讲经堂、斋堂、戒坛、佛教文物馆等。兴建宁国塔，规划高度63.7米，取意为宁国寺始建于637年。